十二生肖的起源与动物崇拜有关，在原始社会中，人们开始驯养动物，猫和狗就是很好的例子，它们是人类最早驯养的动物之一，后来有了畜牧业，牛羊等家畜也受到了人类的照顾，自然这些动物和人类越来越亲近。
随着人类文明的发展，出现了农业和畜牧业，同时，也出现了一些大型的祭祀活动来感谢这些动物的“功劳”于是就产生了动物崇拜。 在我国古代，人们用十二地支记录每天的太阳升起的位置，以子、丑、寅、卯……来表示，每个时辰等于现在的两个小时。 由于一天的时间是有限且固定的，而十二生肖却能代表每一个时辰，那么必定会有一项或一项以上的动物属于某一个时辰，这也就解释了为何十二生肖没有重复的。 而十二地支中，子、午、卯、酉四个地支具有特殊意义，称之为四正；寅、申、巳、亥也是四正，还有辰、戌、丑、未也是四正。
什么是四正呢？简单点来说，就是一个时辰分成了八刻，每两个时辰相当于现在一个小时，每一个小时又分为四十刻。 那么一个时辰被分成了三十二刻（一个小时），每一刻对应一种动物，也就是说每一个小时都有一个动物当值，而整个晚上就与十二个时辰一一对应，从而形成了十二生肖。
费曦文优质答主关于十二生肖的起源，现在大多采用东汉王充《论衡·物势篇》的说法，他认为十二生肖动物的选用是以其生活中的特性、人类对它们的熟悉以及其为常见家畜为主，如“午为马，则任重至千里”，“戌为狗，狗者，守御 animal也”。但据笔者研究，这些说法不全面，如排在第七位的羊，远不如牛、马、猪、鸡和狗常见和重要，而且在我国古代并非重要的祭品。对十二生肖顺序的认识，主要有“图腾说”、“象类说”、“占卜说”和“阴阳说”，但都无法全面解释十二生肖的顺序。
笔者根据甲骨文和青铜器铭文中的动物生肖称呼及生肖字的字源进行了研究，认为十二生肖顺序的确定与汉以前先民对这些动物生肖称呼和字源，及其它们与十二地支字源间的密切关系有着极为重要的联系。
在殷商后期，十二生肖动物作为“有形”的生肖字源已经存在，在殷商后期和周代作为“无形象”的十二地支动物生肖符号已十分明确，如甲骨文中十二生肖中的子鼠、寅虎、午马、酉鸡等字已经以生肖字的形式在卜辞中使用，而且字形已完全定型。在两周时期青铜器铭文中的十二生肖字也得到了广泛使用，字形也定型，与今字相同，特别是其中与十二地支同字的子、丑、寅、卯、辰、巳、午、未、酉、戌等十个字完全与今字相同。在生肖字源与十二地支字源相关性研究中发现，十二地支字与十二生肖动物象类字，或形体相似、或含义相关、或有同源字、或有组合字，这些字或与十二地支字源为同一字，或十二地支字的字源中包含有与十二生肖字源相关的字。
例如，《说文解字》中对“子”字字源解释为：“天一、地二……生子，子，滋也，象孕育之形，小儿也……子，十一月北方之神，水，象形。”从这一记载可知，“子”有生育、滋育、“小儿”和北方水之意，与生肖子鼠字源具有极密切的关系。另外，“子”与鼠的字源都有水的象意，“子”字本身也是鼠的字源之一。在与子鼠对应的十二地支字申的字源中，也有与鼠字源密切相关的字“甲”字成分。子鼠排列在第一位与“子鼠”字源与“子”字密切相关。寅与虎在字源上也密切相关，甲骨文中的“寅”字为象类字，其字形上部为“儿”，“儿”字在商周时期为“女”字，字像双手托着婴儿的乳母或妇人的样子：“寅”字字形下部为“巳”字，为蛇的象类字。整个字为妇人怀蛇于怀之形，即像女性怀孕生育，又像蛇在生卵。因此，“寅”有卵生之意。甲骨文中“虎”字为象类字，其字形像一只老虎张牙舞爪、暴露出尖锐的牙齿的样子。其字本义为卵生的虎，甲骨文中虎字多与“子”字合文，构成“寅”字，即为“子虎”，因此“寅”与“寅虎”是通用字。因“寅”字有卵生之意，因此在十二生肖排序中列为第三位，排列于卵生的“卯兔”之后。
与子鼠、寅虎同支的午马和酉鸡是两种与生活和军事息息相关的动物，因此在它们对应的十二地支午和酉的字源中就与马和鸡的关系极为密切。如《说文解字》对“午”字字源的解释是：“阴阳交，故五月为午，午，仵也，五月阴气午逆阳，冒也。斗建午时万物始盈，故言仵，冒也……马牛督谓之午。又曰，马八尺曰午。”这一段解释中，与午马关系密切的字有午、仵、冒、督和午尺。在与午马对应的十二地支字支中，其字源中包含有这些字的字根。《说文解字》对“酉”字的字源解释为：“酉，就也，百果收成，于是藏也。九月，阴气入，故曰酉，酒之清者”。酉字有贮藏、酿酒的含义，在其字源中也有这些字根，如入、酉清。在其他十二生肖与十二地支字源关系的研究中，也发现这些生肖字在地支字源中存在字根、同源字、组合字关系。因此，十二生肖顺序的确定，与它们字源和十二地支字源的关系极为密切，同时与十二地支的阴阳五行属性及当时人们的生活习俗和祭祀密切相关。
